Nell'ambito della vendita diretta, per modello organizzativo si intende l'insieme delle attività che verranno realizzate, dei soggetti che saranno coinvolti, e delle modalità che potranno essere utilizzate per coordinare i contributi di questi soggetti al fine di vendere un prodotto con determinate caratteristiche intrinseche e di servizio al consumatore. In altre parole, bisogna organizzarsi per poter portare al consumatore un prodotto a un prezzo adeguato generando un utile soddisfacente per il nuovo imprenditore.

Il modello organizzativo sarà quindi una conseguenza delle scelte fatte per quanto riguarda:

 
E' evidente che un'iniziativa di vendita diretta presso la propria azienda agricola, con una gamma limitata, avrà un modello organizzativo molto più semplice che un progetto che prevede di vendere su tutto il territorio nazionale un'ampia gamma di prodotti agricoli on-line provenienti da più fornitori e  con consegna al consumatore finale.

Ai fini della costruzione  del modello economico , dunque, la scelta del modello organizzativo ha un impatto diretto sulla stima dei costi di gestione, sulle modalità di distribuzione dei margini e sulle tasse da pagare. Tali aspetti richiedono approfondimenti specifici per tanto : il modello di conto economico  illustrato in questo manuale si ferma  prima dell'analisi fiscale del progetto.

Per progetti un po' complessi, è bene cercare di disegnare uno schema sul relativo funzionamento, mettendo su carta tutti i soggetti coinvolti (sia soci, sia fornitori, sia clienti) e i rapporti commerciali e societari che dovranno esistere tra di loro. In questo modo sarà poi più facile individuare e quantificare tutti i flussi economici, finanziari e di prodotto.

Tre agricoltori decidono di avviare assieme una nuova attività di vendita diretta. Prevedono di vendere sia prodotti provenienti dalle proprie aziende agricole, sia prodotti acquistati da fornitori terzi.

Il modello gestionale ipotizzato prevede che i 3 agricoltori realizzino una nuova società ("Nuovo soggetto gestore"), che si occuperà della gestione dell'attività; loro saranno pertanto i soci della nuova società.

Tutte le attività relative alla vendita diretta verranno gestite dalla nuova società, che sosterrà quindi tutti i costi operativi connessi (pulizie, utenze, etc), assumerà eventualmente il personale necessario, provvederà all'acquisto dei prodotti e incasserà i ricavi delle vendite.

I 3 agricoltori avranno il doppio ruolo di socio e fornitore, in quanto la società acquisterà da loro una parte del prodotto venduto (nel caso decidano di creare una cooperativa, i 3 soci conferiranno il prodotto). Inoltre, se decideranno di assumere un ruolo operativo nella vendita (es. responsabile del negozio, cassiere, etc.) diventeranno anche dipendenti della nuova società.

Per la realizzazione di questo modello organizzativo occorrerà quindi:

Tutte queste attività e decisioni impattano direttamente sui costi di investimento e di gestione del progetto, che vanno stimati accuratamente.